Le roi Louis XI fut le premier qui apporta quelques modifications au plan de Pierre de Montereau. Le soupçonneux monarque ne se souciait point d'occuper le réduit ouvert qui, dans la nef haute, recevait le prie-dieu royal de ses prédécesseurs. Il fit construire, au midi, à la gauche de l'autel, entre deux contre-forts, un petit oratoire fermé avec une sorte de meurtrière, pour avoir vue sur l'officiant.
Soit que les œuvres hautes de la Sainte-Chapelle fussent dégradées par le temps, soit qu'un incendie, dont l'histoire ne fait pas mention, eût détruit ses combles, Charles VIII y fit exécuter des travaux importants de restauration. La rose fut entièrement reconstruite et garnie de nouvelles verrières ; les clochetons qui terminent les deux escaliers de la façade furent refaits, ainsi que la charpente du comble et la flèche en bois recouvert de plomb.
On prétend que le roi Louis XII, étant goutteux et voulant arriver aux chambres du Palais et à la chapelle haute en litière, fit élever le joli degré à rampe droite, douce et voûtée, qui longeait le flanc sud de la chapelle royale. Sous Henri II, un jubé en marbre sépara la nef haute en deux parties. Le 26 juillet 1630, un incendie causé par la négligence des plombiers, dévora la charpente du comble et de la flèche qui, en tombant effondra la voûte de l'escalier dû à Louis XII. Ce sinistre étant réparé tant bien que mal, les voûtes du degré ne furent point refaites. Des échoppes occupées par des libraires s'élevèrent entre ses piliers calcinés. C'est sur .cet escalier à demi ruiné que Buileau a transporté le champ de bataille de son Lutrin.
Les choses restèrent à peu près en cet état jusqu'à la fin du siècle dernier. Une couverture en bois avait été seulement placée sur les tronçons des piles du degré de Louis XII.
Pendant la Révolution, la Sainte-Chapelle devint un club, puis un magasin à farines, puis un dépôt des archives judiciaires, usage qui lui fut conservé jusqu'en 1837, époque où commencèrent les travaux de restauration. Après trente ans, ces travaux sont arrivés à leur terme, et le monument de saint Louis a repris son aspect premier. Bien entendu, les ouvrages de Charles VIII ont été conservés, et la flèche a été reconstruite suivant la forme de celle du XVe siècle, car il n'existe aucun renseignement sur le clocher primitif.
Eugène-Emmanuel VIOLLET-LE-DUC, Les églises de Paris, LA SAINTE-CHAPELLE, Éditeur : C. Marpon et E. Flammarion, Paris, 1883